У музея богатая история. Она берет свое начало с 23 мая 1917 года, когда на собрании Комитета общественной безопасности было принято решение об учреждении общественного музея, и самые важные этапы становления музея связаны с именем легендарного вилюйского краеведа, учителя П.Х.Староватова. В создании музея П.Х.Староватову помогли его ученики: А.А.Иванов-Кюндя, Михалев и др.

Сбор экспонатов проводился при активном участии населения. Экспонаты жертвовали все улусы Вилюйского округа. Содержание коллекции: первоначально – этнографическое.

Для того, чтобы изучить историю создания музея, надо проследить историю музейного дела в России. Конец Х1Х столетия – Румянцевский музей им. Императора Александра 111-го.

Вначале истории музея надо учитывать время. Когда было принято решение о создании музея: время революций и гражданской войны. В Якутии не было районных музеев. Мало опыта.

В то время не существовало изначальной научной концепции музея. Миссия музея, видимо, определялась служением народу, строительством нового общества. Все музеи строились на основе краеведческого принципа, отражали историю, культуру, быт края.

Отсутствие постоянного помещения, штатов музейных работников создавали определенные трудности в развитии музея.

Герой Труда П.Х.Староватов с 1935 года полностью переходит на музейную работу и 19 лет бессменно руководит музеем. Во времена Староватова музей достигает значительных успехов в краеведческой деятельности, ориентируясь, главным образом, на исследование природных богатств края, и получает всеобщее признание. Благодаря усилиям П.Х.Староватова музей становится популярным, востребованным временем центром распространения краеведческих знаний. Личным примером и активной просветительской деятельностью он пропагандирует будущее промышленное развитие Якутии, вовлекает в краеведение целую армию последователей. Непререкаем личный вклад П.Х.Староватова в исследование полезных ископаемых бассейна реки Вилюй, открытие месторождений якутских алмазов.

П.Х.Староватов был в числе зачинателей массового краеведческого и музейного дела в республике, определения основных направлений исследовательской краеведческой деятельности. На деле доказал, какое влияние может оказать музей в современном обществе.

Славные традиции, заложенные П.Х.Староватовым, продолжили следующие поколения вилюйских музейщиков. Свою лепту в развитии музея внесли работавшие в разное время директорами музея: учитель, сын потомственного вилюйского казака В.М.Кондаков, бывший директор Дома культуры Орджоникидзевского района Н.П.Стрекаловский, бывший заведующий отделом культуры Д.Н.Семенов, известный краевед, почетный гражданин г.Вилюйска Н.Г.Баишев, бывший председатель городского совета, советско-партийный работник, краевед Е.М.Никифоров, заслуженный работник культуры ЯАССР, автор многих памятников нашего города Н.В.Петров и многие другие.

Значительные этапы в развитии музея связаны с именами краеведов, энтузиастов музейного дела Николая Георгиевича Баишева и Егора Макаровича Никифорова, Н.С.Миронова.

Функциональная модель развития музея; миссия музея. Согласно новой концепции развития, музей все более специализируется культурно-образовательному направлению деятельности.